La déchéance
L'univers redevînt un havre de paix. Les humains, suite à la terrible guerre qui opposa Darkéaptor à Arceus, devinrent des êtres sages, vénérant les pokémon légendaires et vivant en harmonie avec les autres. Contrairement à la génération précédente, Arceus ne créa plus de pokémon uniquement à partir de la terre et de l'eau, mais également à partir du feu, de la foudre, de l'air et de la végétation, créant de plus grandes variétés d'êtres différents. Les années passèrent, et la paix durait toujours. Darkéaptor, voyant l'harmonie de cette époque, ne jugea pas utile de risquer une défaite face à Arceus, alors que tout allait bien. Il pensait même qu'ils avaient compris la leçon, et il décida de les oublier. Mais il continuait de jeter un regard sur la terre. Arceus, lui, décida de récompenser les humains en créant un être merveilleux, emplie d'un incroyable pouvoir : Jirachi, le pokémon capable de réaliser n'importe quel vœux. Ce pokémon fut caché dans une caverne distendue, où seul les humains les plus méritants pourraient le trouver. Mais ce pouvoir était tel que Jirachi devait se reposer mille an entre chaque vœux. Tout allait dans le meilleur des mondes.
Les années s'écoulèrent. Quelques millénaires passèrent. Le monde avait changé. Les humains avaient colonisé le monde. Les routes étaient pavées, des murs étaient érigés, et une hiérarchie s'installa chez les humains. Darkéaptor voyait cela d'un mauvais œil, repensant au passé. De plus, le fait que les hommes modifient la topographie, comme si ils se prenaient pour des dieux, et le fait que les pokémon obéissaient de nouveau aux humains lui donnait envie de réapparaître, mais il ne céda pas, conscient qu'Arceus était toujours dans cette dimension.
Nous étions dans une période médiévale, où les seigneurs, vêtus d'armures, combattaient d'autres seigneurs, chevauchant différents destriers, tel des Galopa ou des Drakkarmin. Ils employait d'autres pokémon à des fins domestiques ou pour la guerre, tout en prenant soin d'eux. Mais un jour, tout bascula...
Un puissant seigneur était en train de chasser dans son domaine, quand il rencontra un Pikachu sauvage. Celui-ci, effrayé par cet homme, utilisa une attaque tonnerre pour le chasser. Mais l'attaque rata le chevalier et frappa de plein fouet sa femme, qui était assise sur le rebord d'une fontaine. Elle mourut électrocuté... Pour cet homme, ce fut l'effondrement de sa vie. Alors qu'il allait éliminer cet être qui avait brisé sa vie, il vit le Pikachu s'enfuir dans les hautes-herbes. Emplit d'une terrible colère, il décida de tuer chaque pokémon qui croiserait sa route. Ainsi commença son voyage à travers Unys, où cet homme assassina chaque pokémon de la lame de son épée. Durant plusieurs jours, des dizaines de pokémon périssaient à cause de sa folie. Pour Darkéaptor, cela devait cesser...
Un jour, le seigneur, fatigué d'errer à la recherche de pokemon, s'allongea près d'un arbre pour s'assoupir. Pour Darkéaptor, ce fut l'occasion de défier cet homme, afin qu'il arrête son massacre. Il n'allait pas s'emporter comme la dernière fois, pensait-il. Alors, dans le fracas du tonnerre et le ballet des éclairs, apparu un ciel noir, d'où se forma un terrible tourbillon de ténèbres. Le seigneur se réveilla en sursaut pour voir devant lui un monstrueux colosse, entièrement noir, avec huit pattes, d'énormes ailes trouées, des pointes sur le corps et six effrayants yeux rouge. Cette vision le terrifia, et avant que la créature ne pu agir, il lui asséna plusieurs coups d'épées dans ses pattes, ricochant sur du métal, et les rares coups porté dans sa chaire ne l'égratignaient pas. Terrorisé, il s'enfuit en hurlant. Cette lâcheté, cette violence retrouvée dans dans cet homme, énerva Darkéaptor ; car si cet homme en était capable, les autres aussi...
La région sombra dans le feu pour des raisons « inconnues » : en réalité, Darkéaptor utilisa ses attaques rafale-feu et Draco-meteor, ravageant tout sur son passage, et décimant beaucoup de pokémon et d'humain. Soudain, alors que le feu avait presque tout détruit, et que les humains allaient disparaître, Arceus apparu, créant d'abord trois êtres pour protéger les Hommes : Cobaltium, Terrakium et Viridium, avant d'attaquer Darkéaptor. Le souvenir de l'ancienne bataille lui revînt, et il décida de battre en retraite. Mais il fulminait sa vengeance. On dit que pendant cette bataille, un pokémon aida ce nouveau trio, si bien que Cobaltium l'aurait adopté. Mais ce n'est qu'une légende de plus... On dit aussi que l'un des fragments de Draco-meteor s'abattit sur le galet Gris, réveillant Kyurem, et créant la grotte Cyclopéenne. Quand à Déméteros, Boreas et Fulguris, nul ne sait ce qu'ils sont devenu...
Des siècles passèrent. De nouveaux pokémon sont apparus. La majorité des pokémon légendaires sont oubliés. C'est l'époque moderne, où les aristocrates vivent dans des manoirs, et le peuple dans de grandes battisses. Les pokémon étaient devenus plus farouche, n'hésitant pas à attaquer les hommes qui s'attardaient sur leur territoire. Mais les Hommes, plein d'ingéniosité, découvrirent le moyen de « capturer » les pokémon afin qu'ils obéissent aux ordres des Hommes : des « balls » créées à partir de noigrumes. A cette époque, on cherchait à préserver les restes des civilisations antiques, mais nul ne se souciait des vielles légendes, ni des fossiles. D'ailleurs, les pokémon servaient principalement à se battre.
Chaque région avait sa propre histoire, et la majorité d'entre elles étaient indépendante. Cependant, il existait une région centrale à toutes les autres, ou certains faisaient parfois halte. Un immense île à la biodiversité unique, composée d'un volcan, d'un rift, d'une banquise, d'une forêt tropicale, et surtout, elle était surplombée d'une montagne dépassant les nuages, plus grande encore que les monts couronné ou argenté. On dit que ce serais le centre de l'univers, l'endroit où il aurais été créé, se trouvant au centre même d'un triangle formé par le mont couronné, le mont sinjoh et le mont foré. Cette montagne s'appelait la montagne originelle, au sommet presque inaccessible, dans la région nommée Aol, région encore très sauvage. Là-bas vivait dans une forêt une riche famille, qui vivait dans le même manoir depuis plusieurs générations, enterrant les défunts dans leur jardin.
Darkéaptor n'avait cessé depuis son dernier retour d'observer les humains, les prenant en haine avec Arceus. Il les vit modifier des cours d'eau, ravager des forêts et prendre les pokémon en esclavage. De plus, ils entassaient les pokémon morts dans certains coins de la région, ainsi chaque région avait son cimetière à pokémon. Il ne fallait plus grand chose pour que Darkéaptor réapparaisse et détruise ce « peuple de profiteur, de parasite ». Et évidemment, une goutte fit déborder le vase...
En observant les hommes, il découvrit avec horreur la « famille d'Aol » : ces derniers chassaient les pokémon, les tuaient et les mangeaient !!! Trop, c'est trop, il fallait les éradiquer...
Le vent soufflait à en déraciner les arbres, de puissantes tornades arrachaient les rochers en pleine mer, d'immense vagues déferlaient sur les plages, la foudre s'abattait sur le sol, provoquant moult incendies : on dit même que ce serait l'un de ces éclairs qui auraient détruit la tour de cuivre. Le ciel devînt plus noir que jamais, un immense maelström se forma dans le ciel, faisant jaillir une gigantesque colonne de fumée noire qui s'abattit avec fracas sur la montagne originelle. Le tourbillon disparu tandis que la colonne s'enfonça dans le sol, laissant un vortex noir apparaître, formant un épais nuage noir, d'où sortit Darkéaptor. Sa première réaction fut d'aller punir ces hommes de leurs crimes. Il s'envola sur les lieux, et, avant que les habitants ne puissent s'enfuir, il utilisa son pouvoir pour emporter le manoir dans le monde des ténèbres, pouvant ainsi détruire ces hommes. Mais Arceus intervînt. Pas question de fuir, lui aussi devait être détruit pour avoir osé laisser les hommes maltraité les pokémon.
S'ensuit une terrible bataille aérienne, opposant Darkéaptor en furie face à Arceus lumineux. Alors que le pokémon alpha menaçait de perdre, il utilisa son attaque jugement, transperçant Darkéaptor. Ce dernier commença à se désagréger : bientôt, il perdrait sa forme, et serait arrêté. Pour arrêter ce processus, il fallait qu'il revienne dans le monde des ténèbres, mais il n'en avait plus la force... Il réussit à échapper à Arceus en se cachant dans le manoir qu'il avait emmené dans son monde : mi-monde de lumière, mi-monde des ténèbres, chemin le plus court pour rentrer dans son royaume, cet endroit permis de ralentir le processus qui le détruisait. Avec le peu d'énergie qui lui restait, il créa un être de ténèbres, noir, difforme, à l'image de son créateur, dont le rôle serait de ramener son maître à la vie. Cet être, c'était Darkrai. Arceus voulu l'en empêcher, mais il arriva trop tard : Darkrai était créé et avais fuis. C'était la pleine lune. Arceus utilisa alors un puisant Ultralaser qui détruisit Darkéaptor, mais qui lui fit perdre ses trois orbes, transformant son corps en trois entités : Darkéor, les ailes de Darkéaptor, plus rapides que n'importe quel être ou élément, à l'habilitée incomparable, Arceor, le colosse, détruisant tout ce qu'il touche tant il est puissant, que nul ne peux approcher sans être frappé d'une force inimaginable, et Darkeus, l'être au corps de lave, générant les plus terribles cataclysme qui pouvaient exister. Ces trois être furent pétrifié dès leur création, tandis que l'esprit de Darkéaptor fut enfermé dans le monde des ténèbres, ne pouvant plus jamais revenir sur terre tant que les trois entités qui le formaient ne seraient pas rassemblées. Mais ce dernier fit un dernier acte : il ouvrit plusieurs passages entre les deux dimension, marchant dans un seul sens, qui permis au âmes des pokémon défunts de revenir sur terre, situés au niveaux des grands rassemblements de corps. Ainsi, les spectres apparurent sur terre. C'est également grâce à cette « ouverture », que le monde distorsion pu être raccordé avec le monde de lumière. Arceus était impuissant, et cette bataille l'avais beaucoup affaiblie. Néanmoins, il utilisa ce qui lui restait d'énergie pour créer un pokémon, connu sous le nom de Cresselia, dont le but était de pourchasser Darkrai afin de l'empêcher de nuire aux humains et de réveiller son maître. Ainsi naquirent Cresselia et Darkrai, nées lors de la pleine lune, tandis qu'Arceus disparu dans le ciel.
Darkéaptor n'était plus, Arceus se reposa, les pokémon légendaires étaient oubliés et disparus, seul Darkrai, Cresselia, Latias et Latios subsistaient dans ce monde. Mais la paix ne pouvait malheureusement durer...