Aïe ave ze solouchionne !
Je sais pourquoi certaines villes sont bleues et d'autres rouges !
Il suffit de regarder la version anglaise du jeu. Dans celle-ci, les villes sont désignées par deux mots voulant dire "ville" :
city et
town.
Voici les noms des villes de Hoenn en anglais (j'ai pas vérifié pour Sinnoh) :
* Littleroot Town (Bourg-en-vol)
* Oldale Town (Rosyères)
* Petalburg City (Clémenti-ville)
* Rustboro City (Mérouville)
* Dewford Town (Myokara)
* Slateport City (Poivressel)
* Mauville City (Lavandia)
* Verdanturf Town (Vergazon)
* Fallarbor Town (Autéquia)
* Lavaridge Town (Vermilava)
* Fortree City (Cimetronnelle)
* Lilycove City (Nénucrique)
* Mossdeep City (Algatia)
* Pacifidlog Town (Pacifiville)
* Sootopolis City (Atalanopolis)
* Ever Grande City (Eternara)
Et voici la carte de Hoenn :

(Si ça marche pas :
http://bulbapedia.bulbagarden.net/wiki/Fallarbor_Town)
On remarque que les "Towns" sont bleues et les "Cities" rouges !
Pour l'explication donc, ces deux termes sont peut-être également différents en japonais.
Sinon, on remarque aussi que les "Towns" sont plus petites que les "Cities". Les couleurs ET les temres anglais sont peut-êtres DEUX CONSEQUENCES de cet état de fait.
Voilà pour la petite histoire !