Pokébip.com

Bonjour à tous !

Je suis un fan de Pokémon, de généalogie, d'informatique, de génétique et de biologie ! .

Mon master de bioinformatique, m'as permit d'apprendre non seulement le language de programmation Python mais aussi le logiciel R de statistique, mes connaissance en biologie et en génétique m'ont permit de reprendre un travail qui avait déjà été réalisé, mais basé sur d'autre critères.

J'ai le plaisir de vous présenter l'arbre phylogénétique des pokémon en fonction de leur capacitées.

Matériel et méthode.
# Récupération des donnés :

A l'aide d'un script python (Python v3.0) , nous avons récupéré toute les données du pokedex pour chaque pokémon. Lorsque qu'un pokémon pouvait apprendre une attaque, la valeur 1 lui et assigné et 0 quand il ne peut pas. Ainsi sur l'ensemble de toutes les capacité, attaques, CS et CT connues, un ADN de + de 300 caractère est créé pour chaque Pokémons connues. Les données ainsi créé sont stockées.
Choix des pokémon : Ont été choisi que les pokémon issus de la dernière évolution. Du fait que ce dernier à appris les capacité de ses évolution précédente, a défaut d'évolution,

#Traitement des données :

Il nous faut ensuite comparé les séquences de chaque pokémon 2 à 2, et le nombre de différences. La méthode ici utilisé et de calculé la Distance de Hamming. La distance de Hamming et souvent utilisé en informatique pour vérifier l'intégrité de fichier lors de copier-coller pour éviter la perte de données, elle permet de calculer, dans une séquence de caractère, le nombre de différence. (exemple entre les mots abba et baba , 1: a,b => 1 / 2: b,a => 1 / 3 : b,b => 0 / 4 : a,a => 0 <=> 1+1+0+0 = 2, la distance de hamming et de 2).

Nous réalisons cela pour chaque Pokémons, dans une matrice triangulaire, ce qui permet d'éviter de comparer un Pokémon avec lui même ou un couple de Pokémon< déjà réalisé (pokemon1 <=> pokemon2 et pokemon2 <=>pokemon1)

Pour 345 Pokémons, nous obtenons une matrice de distance de 59685 données de distances différentes.

# Visualisation des données et fabrication de l'arbre

Les distances sont sortie en un fichier csv, qui est traité avec le logiciel de statistique RStudio (ou R) qui importe les données. Ont convertie les donnée en un objet de distance sous R Ont utilise la méthode de la Classification Ascendante Hiérarchique (Hierarchical Clustering). Cette méthode permet de regrouper les Pokémons en fonction de leur distance respective. plus la distance entre deux Pokémon et faible, plus ils sont proche. En regroupant deux Pokémons ont forme un groupe, qui sera a sont tour comparer au reste, les minimum sont regroupé tour à tour. enfin nous traçon l'arbre bien sur, pour avoir un arbre phylogénétique optimisé, il a été nécessaire de regarder chaque pokémon et de voir à quels type il appartenait. Par la suite, certaine branches ont été inversé, pivoter sur elle-même pour regrouper au mieux chaque pokemons, cet ordre et ensuite inclu dans un fichier, importer et inclu dans l'arbre Voila l'image !
Retrouvé mon interprétation de l'arbre dans un prochain message

Excellent

Choix des pokémon : Ont été choisi que les pokémon issus de la dernière évolution. Du fait que ce dernier à appris les capacité de ses évolution précédente, a défaut d'évolution,

J'ai pas compris.

Et les Pokémon qui ont évolué avec une pierre ? Ils ne peuvent plus apprendre d'attaque par niveau ou alors bien moins que la pré-évolution.

Mélodelfe, Farfaduvet, Noadkoko, Ohmassacre, Florges, Rafflesia, Arcanin, Flotoutan, Flamoutan, Feuiloutan, Fragilady, Raichu, Tartard, Roserade, Crustabri, Delcatty, Staross, Togekiss, Feunard, Empiflor, Iguolta, Joliflor, Grodoudou, Lugulabre, Ludicolo, Pashmilla, Magireve, Mushana, Tengalice, Nidoking, Nidoqueen.

Exception : Heliatronc, Momartik, gallame, Corboss (entre les deux).

Donc est-ce que tu as fusionné les capacités de chaque pokémon d'une même ligne d'évolution puis donné le nom de la dernière évolution ?

Ou alors tu as directement pris la dernière évolution et donc un paquet de capacités sont manquantes ?

Bonjour, je me suis mal exprimé "

Un exemple sera plus simple :
Au lieu de prendre Salamèche Reptincel et Dracaufeu, j'ai prit Dracaufeu, car il regroupe toute les capacités de Reptincel et Salamèche
Pour les Pokémons sans évolution connus à ce jour, il ont été prit tel qu'ils sont décrit
Pour les Pokémons à évolution multiple (Evolie) toutes les évolutions ont été prise !

Alors là, je suis hyper impressionné.
Je sais pas combien de temps ça t'a prit pour faire tout ça mais c'est super quoi, je veux dire... C'est facile à comprendre et intéressant.

Un grand bravo !

GG, ça a dû te demander un sacré boulot ! Et moi qui pensais faire un tour sur Bip pour me sortir de mes révisions des cours de phylogénie, c'est raté !

Certains résultats sont très convaincants : Kabutops est très proche d'Armaldo par exemple.
Et d'autres sont assez surprenants, notamment le cas d'Emolga qui se retrouve séparé de ses cousins rongeurs électriques. On pourrait aussi citer le fait que Giratina, frère de Palkia et Dialga s'en trouve fortement éloigné avec cette méthode.

Je pense que les légendaires censés être apparus avant la formation de la Terre (assimilés à des divinités, titans et autres) devraient être exclus de cet arbre, ou bien traités un peu à part, car c'est étrange de considérer Arceus comme un des nombreux descendants de Mew. Ou Deoxys, qui n'est pas d'origine terrestre, à moins de postuler que la Terre n'est qu'un des nombreux endroits où Mew s'est installé/est apparu. Il y a aussi des cas particuliers de "génération spontanée" avec des Pokémon comme Tadmorv ou Voltorbe, qui semblent exclure, je pense, toute descendance directe de Mew. Pour éviter ce terme gênant de génération spontanée, on pourrait imaginer que des micro-organismes indépendants se sont mis à collaborer, vivre en symbiose jusqu'à former des organismes complexes utilisant des matériaux d'origine humaine comme squelette ou source d'énergie (même si les durées évoquées dans Pokémon sont infimes comparées au passage d'êtres unicellulaires à pluricellulaires de notre réalité).

Néanmoins, je trouve cette approche assez intéressante puisqu'elle part du même principe que celui qui dit que Mew est l'ancêtre de tous les Pokémon (donc divinités exceptées, et encore le statut de certains légendaires serait à questionner) puisqu'il est capable d'apprendre n'importe quelle attaque. Ce qui rappelle les cellules souches : indifférenciées, elles ont le potentiel pour devenir n'importe quelle forme plus spécialisée. Ta méthode ne tient pas compte seulement des CT/CS comme une étude qui avait pas mal fait parler d'elle, et ça me paraît mieux puisque les données ne sont pas tronquées.

La méthode choisie pour construire cet arbre peut tout de même être remise en question par le simple fait qu'à chaque jeu, les capacités que les Pokémon peuvent apprendre changent : certaines apparaissent, d'autres disparaissent, ce qui engendrerait un arbre différent pour chaque version.

Et sinon, penses-tu inclure les Pokémon de la 6ème génération ?

Bonjour tous !

Voici mon interprétation du premier clade : Les pokémons PSY :

Pour savoir lire un arbre :

Un arbre phylogénétique, et une sorte d'arbre généalogique, qui rassemble, des individus, mais au lieu de les rassembler en fonction de leur lien de parentés, ont les rassemble en fonction de leur ressemblance, ont considère ainsi que chaque individus ont évolué à partir d'un ancêtre commun qui en évoluant s'est différencier du précédent pour donner une toute nouvelle classe. Ainsi chaque nœud de l'arbre et la représentation symbolique d'un ancêtre commun, c'est le point de jonction « -[ ». Aussi, un autre paramètre peut être visualisé, la distance. La panthère, le tigre, le lion, le jaguar son des félins, ils se ressemble mais possède toute leur propre caractéristique, se qui permet de les distinguer. Dans un arbre ils seront séparé des uns des autres, mais rassemblé dans un même groupe, ou clade. C'est via les point de ressemblance que l'ont peut affirmer qu'il descendent d'un ancêtre commun, c'est l'indice de similarité. Ainsi la hauteur ou se situera le point de jonction détermine la distance avec l’individu auquel il est lié. Et plus cette hauteur et grand, plus cette ancêtre est ancien et éloigné, et plus il est éloigné dans la largueur, plus il y a de critère différent . Ainsi les animaux sont très éloigné des plantes, mais nous somme proche des singes, notre ancêtre commun avec les singe (plusieurs dizaine de millions d'années) et plus proche que celui avec les plantes (2,5 – 3 milliard d'années)

L'évolution ne fait pas que perdre des gènes, mais peut aussi les modifier, voir, en ajouté de tout nouveaux. Ainsi dans un clade ou sont regroupé un ensemble d’individus, il n'est pas surprenant d'avoir un individus dans ce même clade qui peut être différent pour une propriété particulière qu'il est le seul à avoir acquis grâce a une adaptation évolutive par son environnement (appelé transfert latéraux de gènes).

L'arbre des pokémons : Les pokémons ont dérivé a partir du type Psy pour donner tout les types connus.

Mew est considéré par la communauté comme le premier pokémons qui à donner naissance à tous les autres, il n'est pas surprenant de constater que ce dernier se retrouve en premier dans l'arbre, se qui et tout aussi révélateur, c'est le fois qu'il sois placé dans une seule et unique branche avec lui-même, le terme ici et qu'il s'agit d'un clade monophylétique. Mew et le pokémon ancestral, et il est si unique, qu'il est situé seul dans sa branche.

Le type Psy :

Le type psy, dérivent tout naturellement de Mew, et du fait de sa nature de Pokémon Psy, il est logique de retrouvé tout le groupe concernant les pokémon Psy. Les pokémons ont dérivé en 4 sous clade, chaque se divisant par 2.
Le premier sous groupe rassemble nos oiseaux légendaires, Latias, Latios, Giratina, Ho-oh, Lugia, et Arceus. Selon la mythologie Pokémon, Arceus aurait donne naissance à Giratina, il est multitype, se qui lui confèrent donc la capacité d'apprendre beaucoup de capacité, Latias et Latios, Ho-Oh et Lugia, se retrouvent ensemble, leur ailes remplaçant la lévitation du type psy (type psy/dragon, psy/vol). Si ont en croit le dendrogramme, Arceus est le plus ancien après Mew. Ce qui rejoint la légende.
Le second sous groupe contient trois partie, la première avec Xatu, Criptero et Rhinolove, se rassemble, ils savent volé, possèdent des ailes, Xatu et Criptero s’apparente tous deux a des civilisation antique amérindienne et colibri des Géoglyphes dans les plaines de Nazca. Le second sous groupe peut être divisé en deux groupe distinct, avec Seleroc, solaroc, Kaorine et Archeodong. Ces Pokémon ont perdu certaine capacité pour garder celle qui sont du type roche sol et acier. Ont peut supposer que le type sol et plus ancien que le type roche, et que le type acier et dérivé du type roche. Enfin l'autre groupe avec nos petit lutin légendaire Celebi, Jirachi, Créfadet, Créhelf et Crefollet. Notre trio , suis bien la légende, ils sont regroupé tout les trois.
Le troisième sous groupe avec psy Eoko, Mushana, Cressella, Victini, Melobetta, Symbios, Netram, Siderella, il semblerait que, la lévitation ou le vol semble être moins importante, le type feu a fait son apparition avec Victini, Pokémon légendaire relié aussi à Meloetta, des pattes apparaissent et l'usage de sol se fait plus courante, il s'agit d'un groupe qui réalise la transition « Pokémon psy lévitant » et « Pokémon touchant le sol »

le groupe avec Gallame, Gardevoir, Charmina, puis deoxys et Newto, regroupe une classe de Pokémon qui sont principalement « terrestre » leur corps adopte plus un usage terrestre que aérien. Deoxys extra-terrestre et Mewtwo, équivalent à l’échelle génétiquement amélioré sont équivalent Mew sont dans le même groupe. Ont pourrait supposer lequel des deux et le meilleur dans un combat, en effet Deoxys, et Mewtwo sont très puissants,

Enfin plus ont s'éloigne, plus les pokémons semble abandonnées l'usage de la lévitation et du vol est ont développé des membres, le groupe avec Groret, M.Mime, Lippoutout, Hypnomade et Alakazam, semble devenir humanoïde, s'adapte donc à l'usage de la pesanteur, et s’adapte au mouvement terrestre. Même Spinda, se retrouve dans se groupe, se serait donc un Pokémon qui s'est adapté complètement à la vie terrestre et aurait perdu lors de l'évolution les capacité de volé, et de lévitation.

Cela se retrouve avec un groupe relié au pokémon Psy , mais pourtant de Type Normal, l'évolution aurait fait évoluer ses pokémon de façon a préférer le vol ou le milieu terrestre au détriment des capacité psychique de lévitation. Avec Togekiss, Nanmeouie, Leuphorie, Melodelfe, Grodoudou. Ont remarque certaine capacité « psychique » restante (Togepi, Togetic, à des lien psychique avec latios et latias, rondoudou endors les gens avec sa voie, Leuphorie redonne psychologiquement le bonheur...)

A bientôt pour une nouvelle description

Statix a écrit :Et sinon, penses-tu inclure les Pokémon de la 6ème génération ?

Oui, bien-sur !

La phylogénétique n'est pas une science exacte (Pourquoi Tauros est avec des pokémons de type Eau ??) un arbre phylogénétique, affiche les probabilités les plus grande pour qu'un individue A soit lié à B, il faut s'avoir être critique avec tout résultat qu'une expérience donne, c'est le fondement même du principe de la recherche scientifique ! .

Si nous ajoutons d'autre paramètre (les types, groupe d'oeufs, critère morphologique, etc...) ceci changera complétement la nature de l'arbre et son apparence

voici peut être l'explication de Pourquoi Tauros et relié à Léviator : voila pourquoi ont peu avoir des erreur de temps en temps. Lorsque l'ont implémentera de nouvelles données, cela pourra changer radicalement

A oui en fait, pour les curieux ça m'as prit 2 mois pour le codage 10 minutes pour récupéré les données et c'était pour un projet personel d'anglais pour le Master de Bioinformatique, English+Informatique+phylogenetique+Pokemon = FUN !

Splendide, je suis pour ma part en 2nde année de prépa bio et on nous apprends aussi le python (j'ai pour idée de débouché ingénieur agronome & informatique, par exemple) et...je trouve ce travail fantastique. Franchement, l'idée est bonne, la réalisation est détaillée, y'a un très beau boulot de recherche et tout et tout, un plaisir à voir. Et pour le coup je me sens attiré par tout ça, c'est tellement chouette. Donc merci et bravo, et bonne continuation, et en particulier pour tes projets comme cela, haha !

Tuisto a écrit : il faut savoir être critique avec tout résultat qu'une expérience donne, c'est le fondement même du principe de la recherche scientifique !

C'est ce que j'ai voulu faire en partie dans mon commentaire.

Merci pour tes réponses, et bonne chance pour la suite !

Bonjour à tous
Voici l'interprétation du second clade de l'arbre

Le clade Normal, Roche/sol ; Dragon ; Normal/ténèbres, Roche/sol/insecte/Eau puis Combat

Clade n° 2 :
Second grand groupe de l'arbre phylogénétique avec 61 pokémon subdivisé en 5 groupes succédant des pokémons de type Normal, Roche/sol ; Dragon ; Normal/ténèbres, Roche/sol/insecte/Eau puis Combat, nous informe sur une choses : Ont peut emprunter deux voies évolutive et retrouver le même schéma au final. Ainsi nous avons deux groupe de pokémon Normaux, et de types Roche/sols/Acier. Aussi, cette embranchement à l'air de contenir des pokémon de type « sauropode ».

Dérivant du Type psy, les pokémon légendaire, apparaissent le Type Dragon, puissants, sachant voler pour la plupart, Groudon, Rayquaza, Palkia, Dialga, Dracaufeu, Altaria, Dracolosse, Libegon, Carcharcrox, Drattak, Groudon s'est adapté a son environnement terrestre, et a perdu l'usage du vol pour devenir un type sol, il serait pourtant plus ancien que Rayquaza, Palkia, et Dialga, pour ses deux derniers, ils son issus de la progéniture de Arceus selon la légende. L'autre partie, montre que Dracaufeu aurait évolué en premier donnant ensuite naissance au suivant (par gain ou perte) ainsi Dracaufeu acquis la maîtrise du feu, , Altaria et Dracolosse, garde la maîtrise du vol, qui est perdu par Libegon et Carchacrock, la capacité étant peut être endormis du à leur environnement , elle se réveille nouveaux chez Drattak.

Le groupe avec les pokémon de type Normaux et Spectre/ Ténèbres : Tenefix, Capidextre, Kecleon, Dimoret, Mangriff, Absol, Persian et Chaffreux. Si ont en croit mes hypothèse précédente, le type normal serait une adaptation, par la suite des différentes capacité psy, mais alors quand est il du type Ténèbres ? Il se pourrait que le Type Ténèbres, soit une évolution supérieur du type spectre, donnant de pokémon ayant un caractère plus maléfique que le sont les type psy. La loi en évolution du gain et de la perte (on privilégie un caractère au détriment des autres) Ainsi ont pourrait croire que le type ténèbres et spectre, à évolué a partir du type psy, mais que le coût évolutif de ce dernier à poussé d'autre capacité pour devenir normal. Cette théorie pourrait donc s'appliquer a cette branche, se qui montrerais pourquoi ont est autant de type normaux. Chose intéressante, Dimoret, Mangriff, Absol, Persian et Chaffreux sont regroupé, si l'ont observe bien leur physique, il ressemble tous a des félins, bipède ou quadrupède. Kécléon et Capidextre sont de type normaux, ayant perdu le type psy, spectre ou ténèbres, quoique Kecleon peut changer d'apparence. Ont pourrait croire qu'ils s'agit d'un dérivé d'une capacité psy. Capidextre lui aurait tout perdu au détriment du gain qu'il as avec ses queues.

Le groupe suivant représente des pokémon qui possède un exosquelette, une carapace, quelque chose, qui les protège de l'extérieur. Pourquoi un tel acquis évolutif ? L'adaptation a l’environnement à poussé ses pokémon a devoir se protéger des effets extérieur de l’environnement, de part leur environnement, ils ont adopté des défense physique pour mieux résister à la rudesse de leur milieu. La question du gain et de la perte ici et d'avoir privilégié leur exosquelette, tout en ayant une dépense énergétique la moins coûteuse sur leur environnement pauvre et aride. En effet, si l'acquis d'un caractère ne permet pas a un organisme de vivre correctement, ce caractère sera perdu. Ainsi ont perd complètement les type Psy, Ténèbres, au détriment des types Sol, Roche et Acier. Ont retrouve alors Drascore, qui et le seul a avoir garder le type ténèbres et Spectre, c'est le membre le plus ancien. Ont retrouve nos type sol, avec Scorvol qui acquis le type vol et une carapace, Triopikeur (ne possède peut être pas de carapace, mais l'effet de groupe lui permet de se protéger), Sablaireau (son manteau de piquant dur) et Minautaupe qui a fait évolué son type jusqu'au type Acier (la foreuse développé par sa tête et ses bras) Il est logique une fois de plus de retrouvé cette ordre Sol => Roche => Acier si ont par du principe que la terre et plus friable que la roche et l'acier plus dur que la roche. Ces pokémon sont ensuite suivis par Colhomard, Kraboss, Armaldo, Kabutops, Ossatueur, Scarabrute, et Scarhino. "Des pokemon de type Eau ?" Colhomard et Kraboss, sont par principe de type Eau. Mais quand ont regarde dans la biologie, il existe des crustacés terrestre, en effet le cloporte et l'unique crustacé terrestre (Armadillidium vulgare). Evolutivement, il serait revenue a la mer (comme s'est arrivé avec le dauphin qui été un mammifère terrestre qui et revenue a la mer). Colhomard et Kraboss sont donc tout les deux du type Eau avec un exosquelette. Armaldo (comme le nom latin du cloporte) et Kabutops, pokémon fossile se retrouve donc dans le même groupe que Kraboss et Colhomard. Une transition évolutive s'opèrent. Les pokémon ayant acquis une carapace commence à faire évoluer d'autre capacité que la simple défense que leur procuré leur exosquelette, ont pourrais dire que leur capacité a ce défendre n'est plus forcement mis dans leur carapace mais dans le fait aussi de réfléchir à se défendre. Ossatueur peut se protéger avec un os et un crane osseux, et Scarabrute et Scarhino ont développé des capacité de combat en plus de leur carapace protectrice.

Ainsi évolutivement, certain pokémon ont préférer faire évoluer leur capacité de combat au lieu de leur capacité de défense. Si ont remarque bien la transition, Scarabrute et le parfait exemple entre l'acquisition d'un exosquelette protecteur et le développement de capacité de combat. La carapace sera peu a peu mis de coté, et ont verra apparaître tout les pokémon du type Combat.

Pour le type combat il est plus simple a expliqué, les pokémon ont évolué leur manière de combattre, et pour se faire ont développer des posture bipède, des bras, des jambe pour une meilleur posture au sol, une parfaite maîtrise de leur mouvement, la rapidité et la précision, le développement de capacité mental et psychique pour pouvoir amélioré leur capacité (résurgence de certaine capacité psy) avec Coatox (qui acquiert le poison), Shaofouine, Betochef, Judokrak, Karaclee, Lucario, Kapoera, Tygnon, Kicklee. Un groupe restreint de pokémon avec Simiabraz, Typhlosion, Brasegali, Elekable, Maganon, Ursaring ont réussi à évolué et à acquérir des Type Feu et pour un seul le type Electrique, ce qui fait deux des pokémon , d'une manière évolutive très avancé, une exception, avec Ursaring qui lui et de type normal (cela dit un ourse est très dangereux et d'un coup de patte peut tuer) qui utiliserait le combat mais pas de manière fondamentale. Notre dernier groupe avec Colossinge, Mackogneur et Hariyama, se diffèrent du groupe combat, précédent, peut être pour l'aspect animal, ou massif de Hariyama et Mackogneur.

Bientôt la suite !

Salutations !

Je suis l'autre personne ayant participé à ce travail, notamment sur la partie moins sexy qui consistait à collecter et mettre en forme, proprement, les objets manipulés par mon collègue. (ce qui explique qu'il n'y passe que 10 minutes, btw :p )

Vous trouverez les sources et, bientôt, la présentation de projet sur github. Les sources du parser qui pillent impitoyablement le pokédex de pokébip sont dans le fichier pokemonParser.py. (évitez de le runner pour rien, c'est pas très lourd pour les servers, mais si tout le monde s'y met ça va congestionner à mort)

Concernant le choix de ce dernier, plutôt que l'un des nombreux autres présents sur le net, c'est pour l'uniformisation des pages et les filtres intégrés proprement, permettant de simplifier grandement l'exclusion des pokémons d'évolution non terminales.
Ça plus le beautifulsoup module de Python, le parsing passe crème.

Notez que le parser s'adapte à tout les filtres de pokébip, aussi pensais-je, car la remarque de @Saroumane à ce sujet est excellente, régénérer les data pour l'ensemble des pokémons, et non les seules évolutions terminales. (plus le graphe est gros, plus ce sera impressionnant… restons pragmatiques)
Enfin, si le HTML ne change pas après inclusion de la G6, le code sera compatible avec le nouveau pokédex. Donc la génération de l'arbre sera immédiate.

Je travaille en ce moment à inclure plus de data (notamment les types), plus proprement, en attendant impatiemment que mon binôme pushe les sources sur le repo :)

N'hésitez pas à me poser des questions ou participer sur le repo.
Merci beaucoup, je suis surpris que ce topic improvisé ait autant de succès !


PS: cela n'a pas été dit, mais il s'agit du travail fournit pour un projet en cours d'anglais.




EDIT: update sur le repo ; les types sont parsés, et les objets manipulés sont plus simples.
Les liens du précédent texte ont été mis à jour pour l'occasion.